Desde antiguo se conoce la existencia de vestigios prehistóricos en este municipio documentados en la cueva del Moro, actualmente en terrenos de Repsol, en Gajano, en donde se han encontrado materiales paleolíticos y restos cerámicos medievales. Además, se han hallado restos cerámicos en Elechas, así como materiales de época romana y medieval en la cumbre del Mato.
Correspondiente al período altomedieval es la necrópolis de Orejo, situada en el Alto Quintana, al igual que la necrópolis de Gajano, junto a la iglesia de esta localidad.
El territorio que se extiende al sureste de la bahía de Santander, de la que forma parte el municipio, se articuló en torno a diversas iglesias desde antes del año 1000, conformando el antiguo territorio de Alfoz de Cudeyo.
En el Becerro de las Behetrías (1351) aparecen citadas las localidades de Agüero y Elechas como tierras de realengo bajo el dominio de Pedro González de Agüero, llamado ‘El Bueno’, que participó en la batalla de Salado comandando a las gentes de la Merindad de Trasmiera. Ello le valió estar exento de impuestos.
En los albores de la época Moderna el término de este municipio constituyó la parte norte de la Junta de Cudeyo – denominada ‘El Tercio de la Marina’ -, una de las de la Merindad de Trasmiera.
La localidad de Pontejos se vinculó al régimen señorial en la Edad Moderna y el conjunto de estos lugares aparece en el Catastro de Ensenada (1753) como tierras de sembradura, viñas, prados y huertas, cuyas gentes estuvieron regidas por los oficiales de la Real Junta, que tenía su casa de juntas en Ceceñas.
Su proximidad al mar favoreció siempre una actividad pesquera y marisquera como complemento económico de sus vecinos de forma que, en la localidad de Pontejos, se constituyeron ya en el siglo XVIII empresas industriales sobre las marismas que fueron ganadas al mar.
Cuando se instituyeron los primeros ayuntamientos constitucionales (1822), uno de ellos se formó con el Tercio de la Marina de Cudeyo, excepto los concejos de Heras y San Salvador, que lo hicieron bajo el nombre de Rubayo y dentro del partido judicial de Liérganes.
Sin embargo, en la reforma de 1835 el municipio adoptó su nombre actual, al tiempo que pasaba al partido de Entrambasaguas, que, cincuenta años más tarde, trasladó la capitalidad a Santoña.
En la década de los setenta (siglo XX) quedó integrado en el de Santander hasta 1992, año en que pasó a depender del partido judicial de Medio Cudeyo.
PERSONAJES
Martín de la Riva-Herrera: Conquistador del alto Amazonas en el siglo XVII y fundador de la ciudad de Santander de Nueva Granada. Nacido en Gajano en 1616 en la casa-torre, era hijo del almirante Bartolomé de la Riva-Herrera y, desde muy joven, intevino en varias batallas. En 1642 fue nombrado corregidor de la ciudad de Cajamarca, en Perú, desde donde organizó la conquista del Alto Amazonas y fundó la ciudad de Santander de la Nueva España. En 1659 fue nombrado corregidor de Cuzco. Falleció en 1684.
Fernando de la Riva-Herrera: Nació en Gajano en 1577, y con él comenzó un linaje de armadores que continuó con su hijo Fernando de la Riva-Herrera y Agüero, que desempeñó el cargo de proveedor general de las Reales Armadas desde el año 1588 e intervino activamente en el desarrollo industrial y mercantil de la villa de Santander, y con su nieto Fernando de la Riva-Herrera y González de Cossío, que fue alcalde de la Chancillería de Valladolid y también proveedor general de las Armadas.
Fernando de la Riva Agüero: Nacido en Gajano a principios del siglo XVII, fue capitán general de Panamá, Puerto Rico y Cartagena de Indias, donde además desempeñó el cargo de gobernador. Fue caballero de la Orden de Santiago y murió en 1663.
Ramón Riva Herrán: Licenciado en Medicina, Cirugía y Farmacia. Nació en 1855 en Gajano y fue socio fundador de la Junta Española de Higiene, presidente del comité provincial para la lucha contra la tuberculosis y el creador del primer Colegio Médico de Santander, cuya presidencia desempeñó algunos años.